刘芾上任的第一件事，就是改组台湾zhèng fǔ。首先设立更多的zhèng fǔ只能部门，把工作范围划分清楚。这次共设立了外交部、国防部、民政部、内务部、商业部、交通部6个部门，其中国防部就是原来的参谋部，内部分为陆军、海军和空军三个部分，其中空军是刘芾授意成立的，人员暂时不多，都是从水师中抽调的优秀人员；内务部大部分由冲锋队组成，分为情报和jǐng察两个部门；外交部、交通部和民政部也是新部门，人员还在调配中，先是搭了个架子，慢慢的再扩充。
整个台湾按照原来清zhèng fǔ的划分是三府十一县三厅一州，这次刘芾稍微改动了一下，把三府：台北府、台湾府、台南府改为台北、台中、台南三市，取消了淡水县归于台北市管辖；把三厅：基隆厅、澎湖厅和埔里社厅改为基隆市、澎湖县，埔里社厅并入台中市；把台东直隶州改为了台东县，并把原来未划分的台湾中部山脉也划归台东县管辖。这样，台湾就变成了台北市、基隆市、台中市、台南市四市和宜兰、新竹、苗栗、彰化、云林、嘉义、凤山、恒chūn、台东、澎湖十个县。
1897的后半段，就在一片改动中平稳的度过了，1898年的chūn节前，台湾情报部门从香港发来电报，说是有几艘美**舰停泊在香港，目的不明。刘芾收到这个消息，有点发蒙，美国人没事跑香港来干嘛？难道是奔着自己来的？不过大卫那边并没有传来美国zhèng fǔ要对付自己的消息啊？
为了搞清美国舰队来香港的目的，刘芾命令在欧洲的“山德鲁制药公司”、美国的“山德鲁电器公司”和清朝的“金象大药房”中潜伏的台湾情报人员，加紧收集这方面消息。
忙了2个多月，刘芾收到了情报部门从山德鲁电器传来的消息，美国和西班牙打起来了。起因是美国的一艘军舰“缅因号”在古巴被炸沉，经过一个多月的扯皮，西班牙和美国于4月24rì和25rì，先后向对方宣战。
随后的几天里，古巴、波多黎各、关岛、菲律宾都沦为美西两国的战场，再加上当地的起义军，战火燃成了一片。虽然这场战争是两个大国争夺海外殖民地的角斗，根本碍不着台湾什么事，但是刘芾不想让美国赢的太轻松，因为菲律宾离台湾太近了，虽然不能明目张胆的去帮助西班牙，但是暗地里使点小坏还是可以的。
通过从香港传来的情报，美国的亚洲分舰队于4月27rì启程南下，很可能是前往菲律宾海域。于是，刘芾命令台湾海军的第二潜艇大队，派出15艘“金枪鱼级”潜艇，汇合一直跟踪着美国舰队的潜艇，尾随在美国舰队后面。
由于台湾的国防部等很多部门里都有外籍技术人员，这次行动刘芾是让内务部秘密实施的，参战的潜艇都是打着去琉球监视巡逻的幌子，出港以后才改变航线的，另外，两条挂着法国旗号，但实际属于台湾内务部的货船，也在预定海域里接应潜艇部队，以提供足够的燃油和补给。
刘芾把这次行动代号命名为“小龙虾”，所有参战船只和人员都是内务部挑选的，联系电报也改为内务部专用密码。
据从跟踪潜艇传回来的消息分析，美国舰队一共有4条巡洋舰、3艘炮舰，巡洋舰的吨位和以前击沉的三景舰比还要稍大，另外还有3条运煤船。
5月1rì，美国舰队趁着夜sè偷偷的潜入马尼拉港，幸运的是他们一颗水雷也没碰上，很快就摸进了港口。在被港口炮台发现以后，美**舰和西班牙港口炮台展开了炮战。
“这些美国人的炮很准确，西班牙人简直就不是炮兵。”这是当时跟踪美国舰队的潜艇第二大队队长施仁杰的原话。
由于西班牙人训练松懈，基本没有炮弹能命中美国人的军舰，眼看着西班牙的岸防炮被一个一个清除掉，潜艇部队的指挥官施仁杰决定，就在这个时刻帮助西班牙一把，有什么能比在双方炮战中偷袭更安全的呢？
于是，由施仁杰所在潜艇独自瞄准了一艘正在慢慢转向的巡洋舰，从1100米左右发shè了2枚鱼雷，1分多钟以后，这条刚刚完成转向的美国巡洋舰就爆发出2个灿烂的大火球，继而又发生了多次大爆炸，等到爆炸的火光和烟雾散去时，这条排水量大概在5000吨上下的巡洋舰就消失在了海面上。
剩余的几艘美**舰顿时慌乱起来，队形也出现了偏差。俗话说祸不单行，不知道是不是刚才美**舰的爆炸沉没激起了西班牙守军的士气，接连2轮shè击，都有炮弹击中了同一条美国炮舰，这条炮舰立刻燃起了大火，打着旗语，撤出了战斗。
施仁杰牢记着命令上的要求，那就是可以打击，但是不要对舰队造成太大的损失。看到美国舰队已经一沉一伤了，施仁杰就指挥着潜艇部队，悄悄的撤出了马尼拉港，潜伏到远处继续观察。
美国舰队的指挥官是美国海军的乔治.杜威准将，这是美国海军里一个很勇猛的斗士，而且xìng格坚韧。对于自己的舰队在大好形势下突遭沉重打击，“巴尔的摩号”沉没，“康科德号”受伤退出，杜威将军并没有胆怯和撤退，而是指挥着剩余的几艘军舰继续炮击西班牙人的炮台，另外告诉受伤的“康科德号”积极自救，迅速参加战斗。
西班牙人的好运气全在刚才的几轮炮击中用光了，此后，很少再能命中美国人的军舰，而美国舰队在杜威将军的沉着指挥下，逐渐占据了优势。总共炮击了接近2个小时，把西班牙人在港口内停泊的几条军舰悉数击沉，并摧毁了大部分港口炮台。
就在美国舰队完成炮击任务，撤到港口外下锚等待登陆部队的时候，施仁杰又打算故技重施，再弄掉美国人一条巡洋舰，结果，还没等到潜艇就位，负责jǐng戒的外围潜艇就发来电报：北部海域发现5艘德**舰，正向港口方向行驶。
“德国人？”施仁杰一边指挥潜艇下潜，一边琢磨着，德国人来干嘛？
来的军舰的确是德国人的，不过他们不是来帮助西班牙人的。本来德国人打算如果美国人对菲律宾不感兴趣，那就顺便给占了吧，反正德国在亚洲也没有正经的殖民地。于是，德国人就派了几艘军舰，过来看看情况，谁成想美国人对菲律宾兴趣很高，大老远跑过来已经和西班牙人开打了，无奈，德国人转了几圈，恋恋不舍的返航了。
由于德国人这么一耽误，潜艇的水下时间不够了，无奈，施仁杰也只得让部队返航，到预定地点去和货船汇合，补充燃料以后再做打算。
这边潜艇部队悄悄撤离咱先不提，美国舰队的司令官杜威将军却是一肚子苦水。本来按照计划避开了水雷，深夜进港，展开炮战都在自己的安排之内，谁成想“巴尔的摩号”突然爆炸，造成了舰队的混乱，结果又一条炮舰被连续命中。虽然经过奋战，基本消灭了马尼拉港的抵抗，但是这些计划外的损失也让杜威感到头疼。
至于“巴尔的摩号”为何突然爆炸，杜威和舰队其他军官探讨了半天，也搞不太清楚，只能归咎于西班牙人运气太好，炮弹打中了鱼雷发shè管里的鱼雷，从而引起爆炸。
半个月以后，从旧金山赶来的1万多名美国陆军从马尼拉港成功登陆，在美国海军的配合下，开始围攻马尼拉。
不过，在登陆的当天夜里，美国海军的另一艘巡洋舰“波士顿号”又在港口外“触雷”，并引发爆炸，很快就沉没了。
至此，美国海军虽然完成了攻击马尼拉，配合陆军登陆的任务，但是损失惨重。两艘主力巡洋舰沉没，一艘炮艇重伤，海军共计阵亡了500多人。
不用问啊，后面的“波士顿号”触雷爆炸也是台湾潜艇干的好事，由于是在夜晚，又没有发现被其他军舰攻击，所以美国人只能想象当时“波士顿号”的运气太差，碰上了西班牙人的水雷，又引发了船上的弹药，结果OVER了。
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